Su etapa en la universidad y el Draft

la Universidades de Wake Forest se hizo con sus servicios gracias a que Chris King, ex-jugador y agente de la NBA encargado de promocionar ésta en el Caribe, se fijó en él durante 1992 y convenció al entrenador de Wake Forest, Dave Odon, para que se hiciera con sus servicios.
n Wake Forest, Duncan venció a los problemas de transición y se convirtió en uno de los mejores jugadores de su generación. Fue nombrado All-America, y ganó en 1997 el Premio Jhon R.Wooden al mejor jugador masculino de toda la NCAA. Esa temporada, Duncan promedió 20.8 puntos y 14.7 rebotes por partido. Dominando su oposición con una misteriosa serie de movimientos en el poste bajo y una gama de tiros de media distancia, además de una intensa defensa, Duncan ganó en dos ocasiones el premio al Mejor jugador de la AAC con los Demon Deacons y por partida triple el NABC Mejor Defensor del Año. Junto a otros, lideró la Division I de la NCAA en 1996.97 en rebotes (14.7 por partido), fue décimo en tapones (3.3) y 28º en anotación (20.8). Además, lanzó con un 60.8% en tiros de campo y fue nombrado en 1996 y 1997 el Jugador del Año de la ACC, elegido en el mejor quinteto del torneo de la ACC en 1995, 1996 y 1997, en el primer quinteto de la Atlantic Coast Conference en 1995, 1996 y 1997, y MPV del torneo de la ACC.
Ese año, también lideró la conferencia en puntos, rebotes, porcentaje de tiros de campo y tapones, convirtiéndose en el primer jugador en la conferencia en liderar esas cuatro categorías estadísticas en un mismo año. Duncan lideró a Wake Forest a un balance de 97-31, finalizando su carrera universitaria como el máximo taponador de la historia de la NCAA y uno de los 10 jugadores capaces de conseguir 2.000 puntos y 1.500 rebotes en su carrera. También fue el primer jugador en la historia de la competición en llegar a los 1.500 puntos, 1.000 rebotes, 400 tapones y 200 asistencias, y dejó los Demon Deacons como el máximo taponador de la ACC con 481 tapones y segundo en los anales de la NCAA detrás de Adonal Foyle En la lista de reboteadores de la ACC finalizó tercero con 1.570 rebotes. Tras coronarse como el mejor jugador universitario del momento, Duncan se declaró elegible para el Draft de la NBA de 1997.En el Draft de 1997, San Antonio Spurs seleccionó a Tim Duncan en la primera posición de la primera ronda.